四川成都成都华西精准医学产业技术研究院有限公司 肺组织全转录组测序项目比选公告
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根据业务需要，成都华西精准医******按照公开、公平、公正原则，通过比选方式，择优选择一家服务商，提供肺组织全转录组测序项目服务。现将有关事项公告如下：一、基本情况成都华西精准医******（以下简称“公司”）于****年*月**日在成都市天******由四川大学华西医院牵头建设，华西医院指定******,成都市政府指定******，两方共同出资成立。二、项目概况*.*项目名称：成都华西精准医******采购肺组织全转录组测序项目服务。*.* 项目要求序号物资名称工作内容、检测项及质量标准*全转录组测序一．概况对肺组织样本（包括癌组织和癌旁组织）进行RNA抽提以及全转录组测序。二．方案要求*)测序策略：去核糖体建库测序（含mRNA、LncRNA、circRNA）PE***，Small RNA SE**；*)建库方案：去除rRNA的链特异性RNA文库+ Small RNA文库；*)测序数据量：去核糖体建库测序（≥**G），miRNA(≥**M reads)；*)测序质量标准：过滤后获得的有效数据在Q**水平≥**%；在Q**水平≥**%；*)生物信息分析：标准分析+个性化分析；*)结果交付：原始数据+结题报告+结果文件，**个工作日内交付所有结果（含数据分析）；*)比选文件中提供测序平台及测序方案。三．服务内容使用安捷伦****（或其他等同设备）检测RNA总量与完整度（RIN），使用去球蛋白TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Globin（illumina）试剂盒（或其他等同试剂盒）纯化 RNA（去除球蛋白与 rRNA）。RNA和文库质检合格后开展全转录组测序，交付数据质控报告，提供测序结果数据分析服务。四． 分析内容lncRNA分析*)测序产出情况及数据评估，序列比对与拼接；*)SNP和InDel分析，可变剪切分析；*)转录本拼接，新转录本预测；*)LncRNA定量分析；*)LncRNA筛选（LncRNA筛选结果、筛选LncRNA分类情况、LncRNA特征分析），提供表达结果注释表格、样本相关性分析图、PCA图等；*)差异表达分析（提供差异表达分析结果、火山图、散点图、染色体分布、聚类分析、韦恩图等）；*)LncRNA与mRNA数据的关联分析，包括mRNA及lncRNA特征分析、lncRNA靶基因预测、差异lncRNA与差异mRNA关联分析、共表达分析、ceRNA分析等；*)对差异基因基于Gene Ontology(GO)和KEGG数据库进行注释及富集分析，提供富集可视化气泡图及pathway结果；*)基因互作分析，蛋白互作网络分析，多组学关联分析。circRNA分析*)circRNA预测；*)circRNA进行差异表达分析，并进行可视化差异结果展示，包括散点图、火山图、热图；*)对circRNA所在基因组位置上对应的parental gene进行注释，并基于Gene Ontology(GO)和KEGG数据库对parental gene进行注释及富集分析，提供富集可视化气泡图及pathway结果；*)进行circRNA与mRNA数据的关联分析，包括差异circRNA与差异mRNA关联分析、共表达分析、ceRNA分析。miRNA分析*)测序数据过滤及统计，参考序列及数据库比对；*)已知miRNA鉴定，新miRNA预测；*)miRNA靶基因预测；*)miRNA表达水平分析；*)差异表达miRNA分析；*)差异表达miRNA靶基因GO功能分析；*)差异表达miRNA靶基因Pathway功能分析；*)差异表达miRNA靶基因的KEGG通路分类统计；*)KEGG通路富集分析；**)已知miRNA家族分析；**)lncRNA-miRNA-mRNA联合分析（包含lncRNA-miRNA联合分析，mRNA-miRNA联合分析）等。五．结果交付要求数据交付需提供完整的实验报告，具体包括：*)RNA质检报告：所有检测样本的浓度、纯度相关参数和电泳图等；*)实验文件：实验操作流程、常用软件、技术文档、注释文件等；*)数据质控报告：提供样本数据质控结果信息等；*)实验数据报告：原始数据和bam文件、fastq数据等。*)多余组织样本和提取物需返回给比选方；*)承诺：不瞒报、谎报、漏报检测数据、结果等信息；承担保密义务，不得泄露、擅自使用或对外发布检测结果和相关信息，严格遵守国家法律、法规和有关纪律要求。六．服务能力*)参选人需具备全转录组测序服务经验和转录组研究分析能力；*)具备独立的研发与分析团队，具有多组学整合分析的能力；*)具备转录组研究及多组学项目经验；*)具备多年全转录组测序服务和多组学数据分析服务的经验，*年内协助客户发表过**篇以上的文章。*.*最高限价：**万元（含税）*.* 资金来源：成都市财政经费。三、比选申请人资格要求参与本次比选系统服务商需符合以下条件：（一）在中华人民共和国境内注册，遵守国家相关的法律法规政策，信誉良好，近三年无重大事故和不良行为记录；（二）具有独立法人资格，具有企业法人营业执照、组织机构代码证和税务登记证（三证合一的提供营业执照）；（三）具备售后服务和技术支持团队。四、比选办法本项目按照国家政府采购相关政策，采用“综合评分法”，由比选委员会对通过资格审查的比选申请人，按照评分由高到低的顺序，确定*—*名中选候选人。五、比选材料领取截止时间及地点凡有意且满足申请人资格要求的，请于****年*月**日至****年*月**日（上午*时**分至**时**分，下午**时**分至**时**分），通过以下方式领取比选文件。 电子邮件发送。请将单位介绍信、身份证复印件、及企业营******鲜章后扫描发送至邮箱hxjzcyyhr@***.com，通过我司审核的单位，我司将于*个工作日内予以回复。注意：请务必按比选文件要求准备并提交参选材料，逾期未领取比选材料或未提交参选材料的，视为无参与比选意向或放弃参选。本次比选不收取任何费用，参选机构准备比选文件、出席比选会的交通费等费用由参选机构自理。六、发布公告的媒介四川大学华西医院（http://***.******.***/）成都华西精准医******（http://***.******.***/）
