上海静安上海市第十人民医院采购意向公示 10x Visium CytAssist空间转录...
查看隐藏内容（*）需先登录
新闻展示开始上海市第十人民医院采购意向公示 **x Visium CytAssist空间转录组测序发表时间：****-**-** 为便于供应商及时了解上海市第十人民医院采购信息，参照《财政部关于开展政府采购意向公开工作的通知》（财库〔****〕**号）等有关规定，现将医院采购意向公开如下：
样本类型：小鼠组织
样本数量:*个
*.**x Visium CytAssist空间转录组测序参数指标
（*）检测技术方法：在Visium CytAssist工作流程中，在普通玻片上进行的是冰冻组织或FFPE 组织切片的脱蜡、染色、成像、解交联和探针杂交（其脱蜡和解交联仅用于FFPE组织切片）。探针杂交采用RNA模板连接（RNA-templated ligation, RTL）机制，针对特定基因，设计成对探针与其靶标杂交，连接、释放，以及cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下：
l切片制备：将OCT包埋好的冰冻组织或FFPE组织。在莱卡冰冻切片机上对组织进行冰冻切片（**μm）。
lRNA质检：选取**um厚度的切片，进行RNA抽提质检，质检结果满足DV***＞**%，即可进行后续空转实验。
lHE染色质检：并将**um组织切片贴在标准玻片上，进行 HE 染色。并在 **×分辨率的 *D HISTECH Pannoramic MIDI FL 全玻片扫描仪上拍摄明场图像。用于框选正式实验区域
l捕获探针杂交：将两个普通玻片和一张含有*个捕获区域（*.* mm x *.* mm或** mm x ** mm）的 Visium 建库芯片放入Visium CytAssist仪器中，使普通玻片上的组织切片与 * 个 Visium 捕获区域对齐；随后，通过 Visium CytAssist 仪器捕捉明场图像，确定感兴趣的病理区域；最后，Visium CytAssist将普通玻片组织切片上的转录组信息转移到Visium捕获区域，Visium捕获区域通过带有不同位置标签的探针捕获转录组信息，从而获取石蜡切片不同空间位置的转录表达水平。组织被渗透后，释放连接的探针对，结合捕获载玻片上的探针，以此捕获基因表达信息。
l文库构建和测序：从载玻片转移 cDNA 后，进行空间条形码编码，通过 PCR 扩增全长 cDNA，获得足够的量用于文库的构建。将 cDNA 进行酶切片段化。通过 End Repair、加 A-tail 等进行 DNA 文库的构建和上机测序。
l数据可视化分析：结合Visium CytAssist 仪器捕捉的明场图像，确定组织样本的在空间位置上的基因表达情况。
（*）检测平台要求：lllumina novaseq **** 或DNBSEQ-T*。
*. **x Visium CytAssist空间转录组测序技术参数
l测序策略：双端测序PE***；
l测序量：***Mreads/sample；
l原始数据质控预处理软件：**x genomics 官方软件 Space Ranger（version ***.******.***）；
l基因比对软件：STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference）；
l基因定量后质控数据标准化处理包：Seurat(***.******.***)；
l空间细胞类型注释：SPOTlight（version ***.******.***）；
l用户自主分析结果查看软件：**x genomics官方软件Loupe Browser (***.******.*** )；
*.**x Visium CytAssist空间转录组测序分析内容展示
l测序数据质量控制及基因定量：建库测序及数据分析部分由上海欧******完成。高通量测序中产生的原始数据（raw reads）为 fastq 格式序列。采用 **x genomics 官方软件 Space Ranger（version ***.******.***）对 Visium 空间转录组测序数据和明场显微镜切片图像进行处理，检测组织在芯片中的捕获区域，与参考基因组进行比对分析，并根据 Spatial barcode 信息，将每个 spot 的 reads 区分开来，并对总 spot 数、每个 spot 中的 reads 数、检测到的基因数以及 UMIs 数目进行统计，从而对样品的质量进行评估。
l基因定量质控及数据预处理：在 Space Ranger 初步质控结果的基础上，使用 Seurat（version ***.******.***）软件包对数据进行进一步质控及处理。利用 sctransform 函数对数据进行归一化处理，检测高方差特征并将数据存储在 SCT 矩阵中。
l降维与聚类分析：使用 Seurat 包中的 FindVariableGenes 函数筛选 Top **** 个高变基因（HVGs, highly variable genes），利用高变基因的表达谱进行 PCA （主成分）降维分析，通过 UMAP（非线性降维）将结果在二维空间上进行可视化。
l空间特征基因鉴定：使用 Seurat 包中的 FindAllMarkers 函数(test.use = bimod)进行 marker 基因鉴定，即找到每种细胞分类相对于其他细胞群差异上调表达的基因，这些基因就是每种细胞分类潜在的marker 基因。通过 VlnPlot 和 FeaturePlot 函数对鉴定得到的 Marker 基因进行可视化。
l空间细胞类型注释：SPOTlight（version ***.******.***）是一款专门针对 **x Visium 技术开发的细胞类型鉴定软件，该软件基于非负矩阵分解（NMF）的反卷积算法，通过结合单细胞转录组数据（scRNA-seq）（及细胞类型 marker 基因信息）与空间转录组数据，推断每个 spot 位点中细胞类型的组成情况。供应商资格要求
（*）具有合法经营资质的独立法人、其他组织；提供营业执照证明。
（*）自开展经营活动以来，未有过行贿犯罪记录；提供无行贿犯罪记录承诺函证明。
（*）参加本次采购活动前*年内在经营活动中无重大违法记录；提供无重大违。
（*）未被“信用中国”网站（***.******.***.cn）列入失信被执行人、重大税收违法案件当事人名单。
（*）需准备所报项目的法人代表授权函，将加盖公章的授权函一并随报名材料发送至邮箱，市场调研当日需携带至现场。授权书内容包括，******名义签署并处理一切与之有关的文件和事务。
（*）服务类项目不允许分包和转包
本次公开的采购意向是本单位近期采购工作的初步安排，具体采购项目情况以相关采购公告和采购文件为准，本项目不可拆包，请各公司有意参选报名请发送邮件至*********@qq.com，邮件标题为【项目名称+公司名+联系人+联系方式（请预留项目负责人可加微信的电话，后续通知微信告知）】，邮件内容为资格要求内容（须加盖公章）。如需现场报名，请携带相关资料并加盖公章，报名截止****年*月*日。
项目联系人：秦老师电话：********
地址：上海市静安区延长中路***号 上海市第十人民医院 采购中心邻近新闻开始邻近新闻结束相关新闻开始相关新闻结束新闻评论开始新闻评论结束返回列表返回返回顶端新闻展示结束
