北京50个LncRNA测序分析服务
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深圳大学-竞价结果详情 (CB***************)发布时间：****-**-** **:**基本信息：申购单主题：**个LncRNA测序分析服务申购单类型：竞价类设备类别：其他使用币种：人民币竞价开始时间：****-**-** **:** 竞价结束时间：****-**-** **:** 竞价已结束申购备注：无 申购设备详情：中标供应商设备名称数量单位 品牌型号是否标配 售后服务规格配置中标单价报价说明 中标理由北京********个LncRNA测序分析服务*无无按行业标准提供服务；提供*年的售后服务*、样本量
**个样本
*、RNA提取与检测：
提取样本RNA，并对RNA进行严格检测，分别包括：通过*％的琼脂糖电泳检测、NanoPhotometer?分光光度计检测、安捷伦****检测。
*、建库以及库检：
构建真核链特异性文库，使用Qubit、Ageilent****、Q-PCR对文库进行严格检查。
*、测序及数据量
每个样本**G Clean data。使用Illumina平台 PE***方式进行测序。
*、数据质控
对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理，进行数据产出统计以及测序数据的质量评估。Q**≥**％，Q**≥**％（FastQC 软件检测）。
*、分析
*.* 序列比对与拼接：
（*）采用HISAT*对过滤后的reads进行参考基因组的比对分析，并进行Reads与参考基因组比对情况统计、Reads在染色体上的密度分布情况展示、Reads在已知类型的基因分布情况展示。
（*）拼接：将HISAT*比对上的reads进行转录本的拼接。
*.* LncRNA筛选
长度筛选、Exon个数筛选、数据库已知转录本筛除、表达量筛选、编码潜能筛选，通过筛选之后得到可以用于分析的LncRNA以及TUCP，对新的LncRNA结构特征进行长度、外显子个数以及ORF长度分析。
*.* 表达分析
用StringTie-eB软件对mRNA、LncRNA以及TUCP在内的转录本进行定量分析，并比较不同类型转录本表达水平、不同实验条件下表达水平，进行样本间表达相关性检查。
*.* 差异分析
使用Ballgown对不同类型转录本LncRNA、TUCP、mRNA整体进行差异分析，进行差异表达转录本火山图、差异表达转录本聚类分析。
*.* LncRNA靶向mRNA预测
LncRNA co-location mRNA预测、LncRNA co-expression mRNA预测
*.* 功能富集分析：
对差异LncRNA靶基因进行GO富集分析、差异mRNA进行GO富集分析，并绘制相关图示如柱形图等展示。
对差异LncRNA靶基因进行KEGG富集分析、差异mRNA进行KEGG富集分析，并进行散点图以及通路图展示。
*.* 蛋白互作网络分析：
需提供相关mRNA对应的蛋白互作网络数据文件。
*.* 结构分析
（*）SNP和InDel分析：通过samtools和picard-tools等工具对比对结果进行染色体排序、去掉重复的reads等处理，通过变异检测软件GATK*进行SNP calling以及InDel calling。
（*）可变剪切分析：用rMATs对可变剪切事件进行分类以及数量和表达量统计。
* 项目周期
项目周期：**个自然日******.*单项低价原则竞价报名网址：http://***.******.***/biddingShow/B***A*D*-**C*-****-*D**-*C***CA**AA*
