福州市政府采购合同编制说明*、签订合同应遵守《中华人民共和国政府采购法》、《中华人民共和国合同法》。*、签订合同时，采购人与中标人应结合招标文件第五章规定填列相应内容。招标文件第五章已有规定的，双方均不得对规定进行变更或调整；招标文件第五章未作规定的，双方可通过友好协商进行约定。甲方：闽江学院乙方：北京****** 根据招标编号为[******]FJBCZB[GK]*******的闽江学院海洋研究院*个水产动物基因组图谱构建服务服务类采购项目项目（以下简称：“本项目”）的招标结果，乙方为中标人。现经甲乙双方友好协商，就以下事项达成一致并签订本合同：*、下列合同文件是构成本合同不可分割的部分：*.*合同条款；*.*招标文件、乙方的投标文件；*.*其他文件或材料：□无。□无。*、合同标的包号品目号品目名称商品名称数量计量单位产地类型单价金额品牌型号技术指标等**-*其他专业技术服务水产动物基因组图谱构建*批国内************北京******完成*个水产动物全基因组进行Denovo测序分析，获得高质量的基因组图谱。其中*个水产动物基因组大小均为*.*G；合计：******.***、合同总金额*.*合同总金额为人民币大写：柒拾肆万捌仟玖佰元整元（￥******.**）。*、合同标的交付时间、地点和条件*.*交付时间：按照合同要求；*.*交付地点：福建省福州市闽侯县上街镇溪源宫路***号；*.*交付条件：验收合格。*、合同标的应符合招标文件、乙方投标文件的规定或约定，具体如下：水产动物基因组图谱构建。*、验收*.*验收应按照招标文件、乙方投标文件的规定或约定进行，具体如下：按照标书和合同要求，供应商完成测序技术服务工作，需验收三方面报告：*.基因组组装结题报告；*.基因组注释结题报告；*.比较基因组结题报告。。*.*本项目是否邀请其他投标人参与验收：不邀请。*、合同款项的支付应按照招标文件的规定进行，具体如下：支付期次支付比例（%）支付期次说明预期支付时间（用于采购贷申贷，为空无法进行申贷）****全部货物供应完毕且最终验收合格后，中标人向采购人出具货物价格***%正式增值税专用发票，采购人七个工作日内支付***%的合同货款。。*、履约保证金有,具体如下:中标公司在签订合同后*个工作日内向学校缴纳**%的履约保证金，该履约保证金在项目验收合格后转为质量保证金。合同期满后，无合同条款所规定的未了事项，并由使用部门确认无问题后，以银行转账的方式无息退回。。*、合同有效期签订合同后*年内。。**、违约责任双方的违约责任：甲方违约责任：*测序与分析工作启动前，如甲方提出终止合同，甲方须在提出终止合同当天向乙方支付合同金额的*‰作为违约金。测序与分析工作启动后，如甲方提出终止合同，则甲方需支付乙方服务已产生的相关费用，乙方有权从甲方已付款项中扣除相关费用，且甲方须在提出终止合同当天向乙方支付合同金额的*‰作为违约金。*测序与分析工作启动后，因甲方提供的样本不符合乙方要求（包括但不限于样本制备不符合本合同要求、达不到后续实验要求、样本污染、样本损坏等）导致合同终止时，甲方需支付乙方服务已产生的相关费用，乙方有权从甲方已付款项中扣除相关费用。*甲方未按照合同约定支付相应费用时，应按逾期天数每日支付逾期金额的*‰作为违约金。乙方违约责任：*如因乙方过错导致项目迟延时，乙方应及时与甲方沟通，协商延期方式。*测序与分析工作启动后，若样本质检合格，实验意外失败（未达到本合同*.*约定的数据量及质量要求），乙方可以为甲方继续进行重复试验，不另计技术服务费用，直到达到本合同*.*约定的数据量及质量要求；若甲方不能继续提供样本，则甲方可以将已付款项转入下一次服务。乙方不承担由此导致的其他责任。*除本合同另有约定，如因乙方过错导致其未按照合同约定交付成果时，乙方应向甲方支付合同金额的*‰作为违约金。。**、知识产权**.*乙方提供的采购标的应符合国家知识产权法律、法规的规定且非假冒伪劣品；乙方还应保证甲方不受到第三方关于侵犯知识产权及专利权、商标权或工业设计权等知识产权方面的指控，任何第三方如果提出此方面指控均与甲方无关，乙方应与第三方交涉，并承担可能发生的一切法律责任、费用和后果；若甲方因此而遭致损失，则乙方应赔偿该损失。**.*若乙方提供的采购标的不符合国家知识产权法律、法规的规定或被有关主管机关认定为假冒伪劣品，则乙方中标资格将被取消；甲方还将按照有关法律、法规和规章的规定进行处理，具体如下：技术服务类项目，暂无。**、解决争议的方法**.*甲、乙双方协商解决。**.*若协商解决不成，则通过下列途径之一解决：提交仲裁委员会仲裁，具体如下：提交福州市仲裁委员会。 向人民法院提起诉讼，具体如下：。**、不可抗力**.*因不可抗力造成违约的，遭受不可抗力一方应及时向对方通报不能履行或不能完全履行的理由，并在随后取得有关主管机关证明后的**日内向另一方提供不可抗力发生及持续期间的充分证据。基于以上行为，允许遭受不可抗力一方延期履行、部分履行或不履行合同，并根据情况可部分或全部免于承担违约责任。**.*本合同中的不可抗力指不能预见、不能避免、不能克服的客观情况，包括但不限于：自然灾害如地震、台风、洪水、火灾及政府行为、法律规定或其适用的变化或其他任何无法预见、避免或控制的事件。**、合同条款内容及要求 一、项目概况（采购标的） 完成*个水产动物全基因组进行Denovo测序分析，获得高质量的基因组图谱。其中*个水产动物基因组大小均为*.*G。 二、技术和服务要求（以“★”标示的内容为不允许负偏离的实质性要求） *.技术要求 *.*二代测序 对*个基因组物种，分别构建***bp文库，利用Illumina进行双端二代测序，整体测序深度不低于***X，每个物种测序数据量不低于***G，Q**在**%以上。 *.*三代测序 对*个基因组物种，通过PacBioSequel构建大片段文库，测序深度不低于***X，每个物种测序数据量不低于***G，要求原始数据RQ值高于*.**。 *.*光学图谱 对*个基因组物种，构建BioNano光学图谱，测序深度不低于***X，每个物种测序数据量不低于***G，利用光学图谱进行辅助组装。 *.***XGenomics： 对*个基因组物种，构建**XGenomics文库，利用Illumina测序平台进行测序，测序深度不低于***X，每个物种测序数据量不低于***G，数据质量Q**在**%以上。 *.*Hi-C： 根据要求选择四碱基或者六碱基酶构建HI-C文库，测序深度各不低于***X，每个物种测序数据量不低于***G，Q**在**%以上，将测序完的数据进行过滤，ValidRate在**%以上，然后与草图基因组比对、并进行聚类、排序和定向，锚定至染色体。 *.*基因组组装 进行三代组装，结合其他技术进行全基因组组装，全面提升scafford和contig。 *.*RNA-seq用于基因组辅助注释以及生物学问题解决 **例样本，构建RNA文库，采用Illumina平台进行PE***测序，辅助基因组注释，数据量不低于*G/样本；数据质量值Q**在**%以上； *.*群体重测序及分析 两个物种共***例群体样本，构建小片段文库，个体测序深度**X，即单个个体数据量不小于**G，并进行群体分析，以及关联分析。*.服务要求 要求进行如下生物信息分析 *.*基因组survey分析 包括数据质控，k-mer分析，survey基因组组装，预估基因组大小，GC含量，杂合率和重复序列 *.*基因组组装 包括测序数据质控，contig组装，Scaffold组装，gap填充 *.*基因组组装评估 包括序列一致性评估：GC-depth分布分析、GC含量分析、测序深度分析、基因区覆盖度评估、基因组SNP统计。序列完整性评估：至少要进行RNA序列评估、CEGMA评估、BUSCO评估 *.*基因组注释 ***.******.***重复序列注释：利用同源序列比对的方式，基于RepBase库使用Repeatmasker和repeatproteinmask进行重复序列注释；利用从头预测的方法对重复序列进行注释，并且对反转录转座子进行具体分类 ***.******.***基因结构注释：使用Augustus，GlimmerHMM和SNAP等软件对基因结构进行预测 ***.******.***基因功能注释：Swissprot注释、TrEMBL注释、KEGG注释、InterPro注释、GO注释 ***.******.***非编码RNA注释：包括rRNA、tRNA、miRNA、snRNA。 *.*基因组分析 ***.******.***基因家族聚类分析 使用OthoMCL流程进行基因家族鉴定，得到单拷贝基因家族和多拷贝基因家族。将注释得到的基因集序列和已发表的基因集序列比对和聚类，构建基因家族，鉴定出物种特有基因/基因家族 ***.******.***系统进化分析 从基因家族聚类结果中提取单拷贝的直系同源基因，以这些基因为标记，进行物种进化树的构建，在全基因组水平上评估这些物种的进化关系，探讨研究物种整体进化地位和物种起源问题 ***.******.***物种分歧时间估算 用单拷贝基因家族，使用PAML软件包中的mcmctree进行分歧时间估计，其中时间校正点取自TimeTree网站，用Tracer验证其收敛性。 ***.******.***基因家族扩增和收缩分析 根据基因家族的聚类分析结果，并过滤基因数在个别物种中存在异常的基因家族，使用CAFE软件进行基因家族扩增和收缩分析。 ***.******.***正选择分析 根据基因家族聚类的结果，将研究物种与其近缘物种基因组进行比较分析，对编码蛋白的基因计算Ka/Ks值，鉴定物种中受到正选择的基因/基因家族，并对获得的正选择基因进行GO、及KEGG功能富集分析，揭示发生正选择基因的功能，结合表型特征进行分析，解析相关生物学问题。通过基因序列的差异以及Ka/Ks估算不同基因组中Gene的进化速率差异 ***.******.***全基因组复制分析 利用MCscan搜索基因组内部的共线性区段，对基因组内共线性区段所包含的重复基因对进行序列比对，并使用PAML软件DS（同义替换率），绘制频率分布图；同时利用MCscan进行中间比对，绘制基因组间共线性区段中orthologgenepairs的频率分布图 ***.******.***基因共线性分析 通过对研究物种和近缘物种的基因组分析，研究它们基因结构的差异以及基因组信息（GC，基因个数，repeat结构等）的差异，之后对部分数据整合绘制Circos图，对物种进行共线性分析 *.*个性化测序及分析 ***.******.***转录组测序 **例样本，构建RNA-seq文库，采用Illumina平台进行PE***测序，数据量不低于*G/样本；数据质量值Q**在**%以上。 ***.******.***两个物种群体重测序及分析 两个物种，共***例样本，构建小片段文库，个体测序深度**X，即单个个体数据量不小于**G，并进行群体分析，以及关联分析。 *.*数据深入挖掘工作及合作 中标方应全力配合甲方开展个性化分析工作，及数据深入挖掘工作，并负责方法，附录，及文章所需的图表及图表解释工作，文章框架需由双方共同搭建，双方共同完成个性化分析、文章撰写、投稿、及审稿修改等工作至文章发表。 *售后服务要求 *.*项目完成时间要求 建库和测序在付款后**个工作日内完成 组装、注释和比较基因组分析在测序数据下机后**个工作日内完成 个性化分析及组学等内容**内个工作日内完成 *.*投诉和建议响应时间要求 **h内响应投诉或建议，**h内反馈改进方案 *.*提供驻地技术支持 上门解答客户相关问题 *.*数据保存及传输要求 数据保存*个月，中标公司需提供移动硬盘用于数据传输。在项目完成后*年之内，如果项目结果存在疑义或者不完善的（例如数据分析存在差错、数据量不够），******保留追究责任的权利，******协商解决。 *知识产权 该项目中的数据及分析结果全部归本单位所有；中标公司需对项目中涉及的实验材料和资料负有保密责任，未经对方允许，不得向第三方转让和泄露本项目的实验材料和资料。**、其他约定**.*合同文件与本合同具有同等法律效力。**.*本合同未尽事宜，双方可另行补充。**.*本合同自签订之日起生效。**.*本合同纸质文件一式*份。合同电子文本通过政府采购网上公开信息系统自动备案。合同纸质文本需与备案电子文本一致，以备案电子文本为准，具有同等效力。**.*其他：□无。□无 。 甲方：闽江学院乙方：北京******住所：福州市闽侯县上街镇溪源宫路***号住所：北京市朝阳区酒仙桥北路甲**号院***号楼***单位负责人：王宗华单位负责人：李瑞强委托代理人：李晶委托代理人：陈少华联系方法：************联系方法：***********开户银行：开户银行：北京银行西三旗支行账号：账号：***********************签订地点：福州签订日期：****年**月**日